بدأت الدراسات العليا في كلية طب وجراحة الفم والأسنان عام 2008 م ،وشرعت الكلية في برنامج الدراسات العليا بنظام السنة حيث ان مدة الدراسة  ثلاث سنوات تؤهل طالب الدراسات العليا لنيل شهادة  الإجازة العالية (الماجستير)  في عدد (8) تخصصات وهي :-

1. أمراض الفم
2. طب الفم
3. خواص المواد
4. طب أسنان الأطفال
5. طب الفم الوقائي والاجتماعي
6. بيولوجيا الفم
7. العلاج التحفظي وعلاج الجذور
8. تقويم الاسنان

و يدرس فيه الطالب في السنة الأولى مقررات أساسية ذات علاقة بتخصص طب وجراحة الفم والأسنان وهي:-

1. التشريح العام
2. علم الأنسجة العامة والفموية
3. علم وظائف الأعضاء
4. الإحصاء الطبي
5. علم الجراثيم والمناعة
6. علم الأمراض العامة وأمراض الفم

 وتنتهي هذه السنة بامتحان نهائي، وبنجاح الطالب في جميع المقررات ينتقل الى السنة الثانية ويدرس فيها الطالب مقررات ذات علاقة اساسية وجوهرية بالتخصص بالاضافة الى ان يلزم الطالب  باجراء عمليات علاجية سريرية ،ومتطلبات معملية تكون بمثابة الشرط الاساسي لدخول الامتحانت النهائية وانهاء هذه المرحلة او السنة الدراسية ، وعند نجاحه  يبدأ الطالب باجراء تسجيل موضوع رسالته (بحثه) وتكون هذه المرحلة الثالثة والنهائية تنتهي بمناقشة البحث وعند قبول البحث يمنح الطالب شهادة الاجازة العالية في فرع طب الأسنان المنتسب اليه الطالب.